O MCUC detém o mais antigo núcleo museológico português de história natural e instrumentos científicos. Os primeiros objetos das suas coleções datam, na sua maioria, do Século das Luzes. Muito contribuíram para a riqueza do espólio a transferência para Coimbra da coleção de física experimental do Colégio dos Nobres em Lisboa, mas também as Viagens Philosophicas de Alexandre Rodrigues Ferreira à Amazónia. Parte do acervo do Museu pode ainda hoje ser visitado nas salas originais, o Laboratório Chimico e o antigo Colégio de Jesus. O Museu inclui-se no património da “Universidade de Coimbra Alta e Sofia”, classificado pela UNESCO como património mundial, em 2013.